故事承接第一部结尾，自从森林王子莫格利（海利·乔·奥斯蒙 Haley Joel Osment配音）不知是否是因为圣痕的影响，此时的她心中疼痛的厉害，每当看到蒙烈尸体的时候，心就仿佛是裂开了一样，偏偏她还要强自冷静以免被阿尔夏珠看出心中的伤痛，如今阿尔夏珠一走开，泪水顿时忍不住从她的美目中滚滚落下。认识了人类女孩珊迪（梅·惠特曼 Mae Whitman配音），便随她一同居住在人类村庄中。然而离开丛林生活的莫格利，却在新的环境里异常想念他的动物朋友们，尤其是待他非常好的黑熊巴洛（约翰·古德曼 John Goodman配音）。来自远方森林的召唤，让莫格利决定重新回到森林的怀抱中去。然而从前自由自在的森林生活，此刻却变得危机重重。老冤家老虎希瑞·坎（托尼·杰伊 Tony Jay配音）正在酝酿一场复仇计划。
